Второй сезон игры продолжает историю Клементины, сироты из Атланты, оставленной на произвол судьбы самостоятельно выживать в мире, что сошел с ума. Разработчики пояснили, что действие первого эпизода начнётся на том же месте, где закончился пятый эпизод первого сезона. Также 2 сезон будет использовать сохранения, принятые игроками в пяти и дополнительном шестом эпизоде. Во 2 сезоне игрокам предстоит играть за Клементину.