Действие игры разворачивается в Англии, в особняке, который называется Dread Hill House (Дом на Холме Страха). В этом доме в полном одиночестве живет главный герой, известный нейробиолог, исследующий загадки человеческого мозга. После трагической гибели жены доктор практически не покидает стен усадьбы и занимается исключительно наукой. Помощница доктора - второй главный персонаж игры - разыскивает добровольцев для участия в неопасном медицинском опыте. Но первое же испытание проходит не по плану... А после неудавшегося эксперимента в доме появляется призрак жены доктора. Героям предстоит разобраться в паранормальных явлениях, которые начали происходить в особняке.

Gray Matter - приключенческая игра, в которой рассказывается о нейробиологе, докторе Дэвиде Стайлосе, потерявшем жену в ужасной аварии несколько лет назад. После случившейся трагедии он стал вести уединенный образ жизни, проводя свои дни в английском имении Dread Hill House. Однажды на его пороге появилась студентка из Америки, Саманта Эверетт (Samantha Everett), которая стала его помощницей.